中菲两国在南海问题上的分歧主要表现在以下几个方面：
1. 岛礁主权争议：中菲两国在南海部分岛礁的主权归属上存在争议。菲律宾曾单方面将南海争端提交国际海洋法法庭，但中国坚持不接受、不参与仲裁的立场，并主张通过双边谈判解决争端 。
2. 海域划界：南海海域划界问题也是中菲分歧的一个方面。菲律宾主张的海域与中国传统海疆线存在重叠，这导致了双方在海域管辖权上的争议。
3. 资源开发：南海地区丰富的渔业资源和潜在的油气资源是双方关注的焦点。菲律宾在一些争议海域进行资源开发活动，而中国则主张在争议解决前共同开发利用资源。
4. 海上安全与军事活动：近年来，中菲在南海地区的海上安全问题上的摩擦增多，包括海上执法、军事演习等活动，这些活动有时会导致紧张局势升级。
5. 国际法律与裁决：菲律宾曾试图通过国际法律途径解决争端，例如推动南海仲裁案，但中国坚持认为仲裁庭无权审理此案，并拒绝接受裁决结果 。
6. 地区合作与外部势力：美国等外部势力在南海问题上的介入也是影响中菲关系的一个因素。菲律宾与美国等国家的安全合作，以及在南海地区的联合军事演习，有时会引起中国的关切。
7. 外交与沟通：中菲两国在南海问题上的沟通和磋商机制也在不断发展。两国已经建立了外交部门紧急沟通热线，并在双边层面开展了对话，以寻求通过外交途径解决分歧 。
综上所述，中菲在南海问题上的分歧涉及多个层面，包括法律、外交、安全、资源开发等，需要通过持续的对话和合作来妥善处理。
